L’APFFQ est dirigée par un conseil d’administration composé de 20 administrateurs provenant de toutes les régions du Québec. Cette équipe d’élus engagés et inspirants est présidée par Mme Josiane Cormier, productrice dans la région de Lanaudière.

Au quotidien, l’APFFQ s’appuie sur une équipe permanente dédiée, formée d’une directrice générale, d’une agente à l’administration, d’une agente aux communications ainsi que d’une agente à la recherche et au développement.